Para além das contra-indicações da via endoscópica escolhida, também existem algumas contra-indicações relacionadas com a dilatação propriamente dita, nomeadamente a incapacidade de fazer passar um fio-guia através da estenose , a dilatação de anastomoses cirúrgicas recentes ou a presença de uma perfuração.
Também está geralmente contra-indicada a dilatação de lesões com hemorragia ativa ou em doentes com risco aumentado de hemorragia.